Stone berpindah dari Los Angeles ke Greenwich Village, Bandar Raya New York pada 2009.[11] Pada 2016, beliau berpindah kembali ke Los Angeles.[9] Meskipun kekerapan liputan media, Stone enggan berbicara tentang kehidupan peribadinya. Memikirkan untuk menjalani kehidupan "normal", beliau berkata telah mencari sedikit nilai dalam perhatian media.[133] Beliau telah menunjukkan kecenderungannya pada pekerjaannya,[9] dan telah memetik pelakon Diane Keaton sebagai pengaruh, yang merupakan "salah satu pelakon yang mendapat perhatian sepanjang zaman". Beliau juga menamakan pelakon dan penyanyi Marion Cotillard salah satu inspirasinya.[2]

Stone mempunyai hubungan rapat dengan keluarganya.[2] Beliau berkata: "Saya dikurniakan sebuah keluarga yang besar dan orang-orang hebat di sekeliling saya. Saya bernasib baik dalam erti kata itu."[134] Sewaktu penggambaran filem The Amazing Spider-Man pada 2010, Stone berpacaran dengan pelakon bersamanya Andrew Garfield.[135] Sifat hubungan mereka telah didokumenkan oleh media, dengan spekulasi yang kerap mengenai pertunangan yang akan berlaku atau perpisahan. Pasangan itu enggan bercakap mengenainya secara terbuka, walaupun mereka membuat beberapa penampilan bersama-sama. Pada tahun 2015, mereka dilaporkan telah berpisah.[136][137]

Menurut Stone, beliau menderita penyakit asma (sesak nafas), sewaktu mengalami kesukaran bernafas semasa menjalani penggambaran filem Easy A.[138] Ibunya disahkan menghidap kanser payudara tahap ketiga dan telah sembuh pada 2008.[139] Stone dan ibunya diraikan dengan mendapat tatu kaki burung, direka oleh Paul McCartney, sebagai rujukan kepada lagu the Beatles "Blackbird", yang mana lagu itu disukai oleh beliau dan ibunya.[140] Beliau muncul dalam kempen Revlon yang mempromosikan kesedaran kanser payudara.[141] Pada 2011, pelakon itu tampil dalam video kolaborasi antara Star Wars dan Stand Up to Cancer, yang bermatlamat untuk mengumpul dana untuk penyelidikan kanser.[142] Dua tahun kemudian, beliau menghadiri acara Gilda's Club, sebuah pertubuhan yang berkhidmat untuk tujuan serupa.[143] Dari 2012 hingga 2014, beliau mengacarakan Revlon Run/Walk, yang membantu memperjuangkan wanita pesakit kanser.[144]

Stone, bersama tiga selebriti lain, hadir di Anugerah Nickelodeon HALO 2012, sebuah televisyen khas yang memprofilkan lima remaja yang merupakan "Helping And Leading Others" (HALO).[145] Pada 2014, dalam satu majlis di New York, Stone dan Garfield menggalakkan paparazi untuk mengunjungi laman sesawang, yang menyebarkan kesedaran, seperti autisme.[146] Beliau telah menghadiri Earth Hour 2014, sebuah pergerakan sejagat untuk planet dianjurkan oleh Tabung Alam Sedunia.[147] Pada 2015, beliau merupakan sebahagian daripada acara pengumpulan dana bagi menyokong Tabung Televisyen & Wayang Gambar, yang membantu orang ramai dalam industri televisyen dan filem dengan tiada sumber atau sumber yang terhad.[148] Pada 2018, beliau bekerjasama dengan 300 wanita di Hollywood bagi mewujudkan inisiatif Time's Up bagi melindungi wanita daripada gangguan dan diskriminasi.[149]